Trong khoảng 0,1% trường hợp người ta đã có phản ứng phản vệ với lixisenatide và trong khoảng 0,2% trường hợp thuốc đã gây ra viêm tụy.[1] Sử dụng với insulin hoặc sulfonylurea có thể gây hạ đường huyết.[1] Trong một số trường hợp, những người không có bệnh thận đã bị chấn thương thận cấp tính và ở một số người mắc bệnh thận hiện tại, tình trạng đã trở nên tồi tệ hơn.[1] Bởi vì lixisenatide là một peptid mọi người có thể và thực hiện phát triển một phản ứng miễn dịch với nó mà cuối cùng sẽ làm cho thuốc không hiệu quả; những người đã phát triển kháng thể với lixisenatide có xu hướng bị viêm nhiều hơn tại vị trí tiêm.[1]

Ít nhất 5% số người bị buồn nôn, nôn, tiêu chảy, nhức đầu hoặc chóng mặt sau khi dùng lixisenatide.[1]